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公孙述进攻南部
建武六年（30），公孙述田戎、任满进攻南郡（今湖北江陵），招其旧部，企图攻取荆州诸郡，无功而还。
耿弇等七将军伐公孙述
建武六年（30）光武帝刘秀派耿弇、盖延等七将军从陇道讨伐公孙述。选取派中郎将来歙奉玺书命隗嚣出兵协助代蜀。隗嚣疑惧，使王元占据陇坻，伐木塞道，阴谋杀死来歙。来歙逃归。诸将与隗嚣激战，大败，各引军撤退。隗嚣派紧追，马武选精锐骑兵断后，杀隗嚣数人，诸将军才得以安全撤回。
乐浪王调据郡收汉
更始政权失败时，秒浪（辖境约当今朝鲜平安南道、黄海南北道、江原道和咸境南道）人王调据乐浪郡（今朝鲜平壤南），不附东汉王朝。建武六年（30），汉遣乐浪太守王遵讨伐，乐浪郡吏杀死王调投降。
第二次下诏释放奴婢
建武六年（30）十一月，光武帝刘秀第二次下诏释放奴婢。诏令规定，凡王莽时吏民被没为奴婢而又不符合汉法者，一律免为庶人。
减田租二十税一
建武六年（30）十二月，光武帝刘秀下诏恢复田租旧制，三十税一。此前，因连年战争，用度不足，田租一度为什一而税。
罢郡国都尉官
建武六年（30），光武帝刘秀下诏罢郡国都尉官。都尉佐助太守，分管军事，秩位仅次于太守，有时可代理太守行事。
窦融破先零羌
更始时（23—25），先零羌封何杀金城太守，占据郡城，隗嚣派使臣贿赂封何，与其结盟，联兵对抗东汉王朝。建武六年（30），窦融率军进攻封何，斩首千余级，得牛马万头，谷数万斛。
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隗嚣反汉
建武六年（30），耿弇等七将军被隗嚣击败后退至下陇。光武帝刘秀命耿弇军驻漆，冯异军驻栒邑，祭遵军驻汧，吴汉等还屯长安。隗嚣乘胜派王元等率兵进攻三辅，冯异、祭遵等大破之。北地耿定等小股势力背叛隗嚣。隗嚣向公孙遂称臣，以开叛汉。建武七年，公孙述立隗嚣为朔宁王，并派兵以为后援。隗嚣以三万步骑进犯安定等地，被击退。
并省吏职
建武六年（30）光武帝刘秀以百姓遭难，户口减少，而郡县官吏所置尚繁，诏令县司隶枝尉及全国各州核实所辖部属，裁撤吏员，凡县国不足以置长吏者，均予以合并。于是，全国并省四百余县，吏职削减十分之九。
匈奴遣使来献
东汉初年，光武帝刘秀忙于消灭中原割据势力，无暇调整与周边各少数族关系。建武六年（30），始令归德侯刘飒出使匈奴，匈奴也遣使者来献。此后，刘秀又派中郎将韩统回报，并赂赠匈奴金币，以此沟通与匈奴原有的友好关系。
