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因废立皇后事，武后非常痛恨长孙无忌，对于志宁在这一问题上的中立态度，武后也不高兴，便命令许敬宗寻机诬陷二人。显庆四年（六五九）四月，洛阳人李奉节报告太子洗马韦季方、监察御史李巢结为朋党。许敬宗趁机诬告长孙无忌等谋反。高宗下诏削去长孙无忌的太尉及封邑，黔州（今四川彭水）安置。许敬宗又奏褚遂良、柳奭、韩瑗、于志宁与长孙无忌同谋，下诏追削褚遂良的官爵，柳奭、韩瑷被除名，于志宁免官。七月，高宗命李勣、许敬宗等审查长孙无忌谋反之事，许敬宗派人到黔州逼迫长孙无忌自缢。高宗下诏将柳奭、韩瑷斩首。被株连的人极多。至此，功臣多得罪，朝政归于武后。
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唐政府颁行《新修本草》
显庆二年（六五七），在勋官苏敬的建议下，唐政府命令由英国公主持，苏敬等儒臣和医官二十多人集体编修本草；至显庆四年（六五九）编成《新修本草》一书，也称《唐本草》。《新修本草》全书包括新修本草正文、药图、图经三部分，总计五十四卷，共载药物八百五十种。遗憾的是第二、三部分成书后不久即失传。现在传存的《新修本草》。是指其正文部分。《新修本草》是中国、也是世界上第一部由国家正式颁布的药典性专著，它系统地总结了唐代以前本草学的成就，内容丰富，图文并茂，成为约束医生、药商的标准药物学著作，具有很高的权威性和实用性，亦为此后五代、后蜀及宋代的官修本草提供了补订的蓝本。该书问世后，在国内外都产生了较大的影响，被唐政府列为医学生的必修之书，稍后传入日本、朝鲜等国，也被作为医学校的法定教材。
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改《氏族志》为《姓氏录》
许敬宗因太宗时修的《氏族志》没有叙武氏的族谱，便上奏请修改。显庆四年（六五九）六月，高宗令礼部郎中孔志约等重新修订《氏族志》。孔志约等以后族为第一等，其余按照唐朝官品的高低，分为九等。于是，以军功被授官五品以上的都进入士流，当时人称之为“勋格”。
日本第四次遣唐使
显庆四年（六五九）七月，日本派遣唐大使坂合部石布、副使津守吉祥等分乘二船来唐。八月，大使石布所乘船漂到尔加委岛，被岛人杀死，东汉阿利麻等五人逃到唐朝括州。闰十一月，吉祥到洛阳，觐见唐高宗。
唐在石、米等国设州县
显庆四年（六五九）九月，高宗下诏在石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、悒怛、疏勒、朱驹半等唐西部小国设置州、县、府一百二十七个。
禁陇西李宝、太原王琼等姓子孙不得自为婚姻
太宗时，山东士族在婚姻问题上非常看重地望，自己也非常高傲，不但多索财礼，而且不愿与一般人通婚，太宗恶之。李义府为他的儿子向山东士族求婚，没获准许。尤对山东士族怀恨，故以太宗遗旨，劝高宗“矫其流弊”。显庆四年（六五九）十月，高宗下诏，后魏陇西李宝，太原王琼，荥阳郑温，范阳卢子达、卢浑、卢辅，清河崔宗伯、崔元孙，前燕博陵崔懿，晋赵郡李楷等各族子孙不得自为婚姻（即禁止以上诸姓互相通婚），并规定他们嫁女时接受聘礼的数额，不得接受“陪门财”。（一方门望不及，令纳财给对方，以赔偿门望），然以上诸姓终不与异姓为婚，或女老不嫁，自称“禁婚家”益增身价。
思结反唐
显庆四年（六五九）十一月，铁勒族思结（部落名）俟斤（官名）都曼（人名）率领疏勒、朱俱波和谒般陀三个国家起兵反唐，击败于阗。唐高宗命大将苏定方统军征讨都曼。苏定方在马头川大败都曼，进而围都曼，都曼无奈投降。高宗免都曼死。
